До возведения Космического центра Кеннеди эта территория использовалась как испытательный полигон и база ВВС США. С этого полигона, в 1958 году был запущен первый в истории США спутник. Уже позже был космический летательный аппарат «Меркурий», пилотировал который гражданин США Алан Шепард, это произошло 5 мая 1961 года. С развитием космической еры, президент США Джон Кеннеди запустил программу «Аполлон», которая была разработана для строительства космических кораблей которые, впоследствии, должны были доставить человека на Луну. После смерти Джона Кеннеди в 1963 году, космическому центру было присвоено его имя.
Для исследователей стояла задача, не только, проектировать космические корабли, но так же всё технику и техническое оборудование, которое может понадобиться в будущем для корректной работы космического центра. Например, для того, что бы вывести в космос космический корабль «Аполлон» в 1967 году, потребовалась огромная ракета «Сатурн». Поскольку ракета была очень большой, для её сборки был построен большой 160-и метровый ангар. Для транспортировки ракеты от ангара до стартовой площадки была построена специальная гусеничная машина, которая могла перевести ракету весом в 5 тысяч тон.
Но, несмотря на все меры безопасности и техническую оснащённость, первый старт «Аполлона» в 1967 году закончился катастрофой. В кабине корабля вспыхнул пожар и все члены экипажа погибли. Эта трагедия привела к тому, что инженеры и конструкторы начали кардинально пересматривать всё проекты и схемы космических летательных аппаратов, и в период до 1969 года в космос посылались только беспилотные аппараты. Ситуация изменилась 16 июня 1969 года, когда космический корабль «Аполлон - 11», выведенный на орбиту ракетой «Сатурн», благополучно покинул земную атмосферу и направился а Луне, и уже 20 июня американский астронавт Нил Армстронг сделал первый шаг по поверхности Луны, совершив тем самым огромный прорыв в освоении космоса.
При всём своём великолепии, корабль «Аполлон» был очень дорого стоящим аппаратом. Именно недостаточность денег подвигла инженеров и проектировщиков на создание челнока многоразового использования. Для экспериментального запуска такого челнока была специально построена огромная взлетно-посадочная полоса длиной 4572 метра, но которой и проводились секретные, на то время запуски, проверки и перепроверки нового вида космического летательного аппарата. Уже к 1986-му году число удачных вылетов челноков такого типа составило 24. И тем не менее, несмотря на роботу над ошибками, катастрофы всё же случались. Катастрофа шатла «Челленджер» произошла 28 января 1986 года, когда корабль «Челленджер» в самом начале миссии STS-51L взорвался на 73-й секунде полёта, что вызвало гибель всех семерых членов экипажа. После этой катастрофы программа челноков была приостановлена на долгие 32 месяца.
Сейчас Космический центр Кеннеди - место для запуска кораблей «Спейс Шаттл», повторно используют комплекс № 39 с инфраструктурой программы «Аполлон». Первым запуском был корабль «Колумбия» 12 апреля 1981 года. В сентябре 2004 часть Космического Центра Кеннеди была розрушена ураганом Фрэнсис. Строение вертикального сбора потеряли 1000 внешних панелей размером по 1.2 x 3.0 м. Повреждения получили южнее и восточнее здания.