Загадочный паразит Polypodium hydriforme сходство с Hydra vulgaris

Polypodium hydriforme - это паразит с необычным жизненным циклом и своеобразной морфологией, что делает его систематическое положение неопределенным. Полиподиум традиционно считался книдарием, потому что он обладает нематоцистами, жалящими структурами, характерными для этого типа. Однако недавние молекулярно-филогенетические исследования с использованием данных о последовательности 18S рДНК поставили под сомнение эту интерпретацию и показали, что Polypodium является близким родственником микозоа и вместе они имеют более близкое сродство с билатерийцами, чем книдариями. Из-за вариабельности последовательностей 18S рДНК эти результаты были предложены как артефакт притяжения длинных ветвей (LBA). Недавнее исследование с использованием нескольких маркеров кодирования белков показывает, что миксозоанБудденброкия гнездится внутри книдарий. Полиподиум не был включен в это исследование. Для дальнейшего изучения филогенетического размещения Polypodium мы выполнили филогенетический анализ многоклеточных животных с 18S и частичными 28S последовательностями рДНК в большом наборе данных, который включает Polypodium и всестороннюю выборку таксонов книдарий.

Полиподиум проводит большую часть своей жизни в ооцитах осетровых рыб (осетровых и веслоносых). За это время Polypodium развивается из двуядерной клетки в плоскую личинку, вывернутую наизнанку, а затем в удлиненный столон, вывернутый наизнанку; слой эпидермиса ячейка расположено внутри корпуса и gastrodermis расположена снаружи [ 6 - 8]. Эмбрион, личинка и столон окружены защитной полиплоидной клеткой, которая также участвует в пищеварении [ 7 ]. Непосредственно перед нерестом хозяина Polypodium перемещается в нормальное положение слоев клеток, обнажая щупальца, разбросанные по столону. Во время выворота желток ооцита-хозяина заполняет гастральные полости паразита, снабжая питательными веществами будущую свободноживущую стадию.

Выделение, амплификация и секвенирование ДНК
Геномную ДНК экстрагировали с использованием наборов Qiagen DNeasy в соответствии с протоколом производителя (QIAGEN Inc., Mississauga, ON) или стандартным протоколом фенол / хлороформ. Последний метод включал переваривание тканей протеиназой K (20 мг / мл) в буфере для лизиса (20 мМ Трис-CL pH 8,0, 5 мМ EDTA pH 8,0, 400 мМ NaCl, 2% SDS), экстракцию фенолом / хлороформом (1 : 1), осадки 2,5 об. 95% EtOH и элюирование TE или H 2 O.

Часть гена, кодирующего 18S, размером примерно 1,8 т.п.н., амплифицировали и секвенировали с помощью универсальных эукариотических праймеров, как описано Medlin et al. [ 38 ] с изменением температуры отжига до 57 ° C. За исключением образцов Polypodium , почти полная часть гена, кодирующего 28S, размером примерно 3 т.п.н., была амплифицирована и секвенирована с использованием подхода, модифицированного по сравнению с описанным в Collins et al. [ 25 ]. 28S был непосредственно амплифицирован в два фрагмента с комбинациями праймеров F63mod + R2077sq и F1379 + R3264 от Medina et al. [ 39] или недавно разработанные праймеры, специфичные для медузозоидов, F97 + R2084 и F1383 + R3238 (F97: CCYYAGTAACGGCGAGT, R2084: AGAGCCAATCCTTTTCC, F1383: GGACGGTGGCCATGGAAGT и R3238: SWACAGATGGTAGCTTCG).